La prima volta che l’asturiano prese parte a un campionato con monoposto fu nel 1999, agli ordini di Campos nell’Euro Open Movistar by Nissan. Fernando s’impossessò del posto lasciato vuoto da Marc Gené, assicurandosi la sua Coloni CN1/Nissan che lo ha accompagnato durante una stagione senza eguali, numeri da record nell’anno del debutto. Motorizzata da un Nissan SR20 di quattro cilindri, costruito da Enrique Scalabroni, Alonso portò a termine 15 gare ottenendo 6 vittorie, 8 podi e 9 pole position.
Nella stagione seguente approdò nella Formula 3000 con il Team Astromega e guiderà una Lola B99/50. Nelle prime sette gare non riuscì a portare alla scuderia neanche un punto, mentre nelle ultime due corse conquistò un secondo posto e una vittoria, sufficienti per classificarsi quarto a fine mondiale alle spalle di Bruno Junqueira, Nicolas Minassian e Mark Webber. Di questa stagione, è rimasta indelebile l’unica vittoria stagionale, quella a Spa Francorchamps. Poi il 2001, la Formula 1, e il grande debutto che aspettava da una vita, il tutto a bordo di una Minardi, una PS01, ma questa è un’altra storia…